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医学是当今世界科技领域最活跃、最有希望取得关键性突破的学科之一。清华大学医学院成立于2001年10月25日，它的创建是清华大学迈向世界一流大学目标的战略部署，是服务于“健康中国”国家目标的发展需要，是顺应世界高等教育和科技发展趋势的历史选择。医学院的首任院长由著名医学科学家、两院院士吴阶平先生担任，生物物理学家赵南明教授、结构生物学家施一公院士、神经科学家鲁白教授、免疫学家董晨教授先后担任常务副院长。2016年9月，董晨教授担任医学院院长。
医学院目前下设两个系一个中心：基础医学系、生物医学工程系、公共健康研究中心，涵盖了细胞与分子生物学、免疫学、传染病学与微生物学、生物医学工程、神经学科和公共健康学六大学科。建院15年来，医学院依托清华大学的整体优势，紧跟国际前沿，广聘国内外优秀人才，稳步发展，在师资队伍、人才培养、科学研究及学科建设等方面取得骄人成绩，已经成为培养优秀学生、研究尖端科学和专业社会服务的综合基地。
经过15年的发展，医学院的队伍不断壮大。目前，全院共有教职工331人，在站博士后86人，学生1205人。在清华大学人事制度改革的推动下，医学院吸收杰出海外归国人员，加快以教研系列人员为主体的师资队伍建设。目前，全院事业编教职工共94人;其中包括：院士2人、千人计划教授11人、青年千人计划引进8人、长江学者特聘教授7人、国家杰出青年基金获得者6人、国家优秀青年科学基金获得者6人、青年长江学者2人、青年拔尖人才1人。新的人事制度吸引了海内外英才的加入，不断充实学院师资队伍，增强学院师资力量。
在优秀师资队伍的带领下，医学院明确人才培养目标，完善培养方案，致力于培养既掌握临床技能又具备科研能力，能在医学领域从事研究、医疗服务、教学及管理的医学科学家、高级临床医生、医学教育工作者和医学高级管理人才。在全院师生的共同努力下，医学院的科研水平步步升高，所取得的科研成就硕果累累。2015年，医学院多个年轻的研究团队在《自然》、《科学》等国际顶尖学术期刊及其子刊上发表12篇文章，逐步摆脱跟踪追随的科学模式，建立了引领新方向的国际影响力。
为了进一步提高科研水平，完善人才培养模式，医学院建设并拥有实力较强的附属医院。清华大学第一和第二附属医院、北京清华长庚医院先后成为医学院的附属医院，为学院的科学研究提供了良好的平台。解放军总医院(301医院)和北京积水潭医院先后成为临床教学医院，为培养高水平人才创造了优良的环境。
清华大学医学学科拥有优越的发展环境，三个系所各司其职：依托基础医学系培养“好医生”，依托生物医学工程系研发“好器械”，依托公共健康研究中心研究“好政策”，同时与国内外同行及相关领域积极展开交流合作，努力培养优质的医学生，力争促进中国医学更上一层楼，为中国乃至世界的医学事业贡献力量。
