一、考试的总体要求
掌握生物信息学的基本概念、基本原理、基本研究方法、主要研究内容以及常用的核酸和蛋白质数据库等;掌握基于互联网的常用生物信息学软件的基本操作使用方法;充分了解生物信息学的主要发展趋势和前沿领域。
二、考试的内容及比例
1.生物信息学概论、常用核酸与蛋白质数据库(10%)
生物信息学的定义、基本概念及其发展现状;生物信息学研究的基本内容、基本原理与生物学基础。常用核酸、蛋白质序列数据库;数据库检索;应用举例。
2.序列对比与相似搜索原理、序列特征分析(20%)
序列同源搜索的生物学原理及概念;常用软件，例如 BLAST 等算法原理;BLAST 衍生系列软件的使用及应用举例。DNA、蛋白质序列特征的分析;相关常用软件及其基本原理;应用举例。
3.基因注释与功能分析(20%)
基因注释与功能分析的目标与内容;基于同源信息的基因结构注释方法;基于统计建模的基因结构预测方法;基因组结构注释相关工具与资源;Gene Ontology 的相关平台及常用工具;KEGG 的相关平台及常用工具。
4.蛋白质特征分析与功能预测(20%)
蛋白质序列与结构简介;蛋白质序列特征分析方法、相关工具与资源;蛋白质结构数据的获取、显示与分析;蛋白质结构预测的相关工具与资源;基于结构的蛋白质功能预测。
5.分子进化分析与构建系统发生树(20%)
核苷酸和蛋白质分子进化及系统发生树的基本概念与方法;进化模型与进化距离计算的基本原理;构建系统发生树的相关软件与资源的使用。
6.生物信息学前沿技术(10%)
了解生物信息学领域中的前沿方向与计划，如 ENCODE 等;了解系统生物学与合成生物学等领域的发展;了解各类组学研究中的常用方法。
三、主要参考书目
1.生物信息学，李霞等，人民卫生出版社，2010 年;
2.生物信息学概论，Attwood 等著，罗静初等译，北京大学出版社，2002 年。
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