(一)中央司法机关
明清时期，中央司法机构为刑部、大理寺、都察院，一改隋唐以来的大理寺、刑部、御史台体系。
1、明代刑部增设十三清吏司，分掌各省刑民案件，加强对地方司法控制;
2、明代大理寺掌复核驳正，发现有“情词不明或失出入者”，驳回刑部改判，并再行复核。如此三改不当者，奏诸皇帝裁决。
3、明代都察院掌纠察。主要是纠察百司，司法活动仅限于会审及审理官吏犯罪案件，并无监督法律执行的原则。设有十三道监察御史。
(二)地方司法机关
明朝地方司法机关分为省、府(直隶州)、县三级。
(三)廷杖与厂卫
廷杖：皇帝下令，司礼监监刑，锦衣卫施刑。
(四)明代的会审制度
1、九卿会审(明代又称“圆审“)。是由六部尚书及通政使司的通政使，都察院左都御使，大理寺卿九人会审皇帝交付的案件或已判决但囚犯仍翻供不服之案。
2、朝审。始于天顺三年(公元1459年)，英宗命每年霜降之后，三法司会同公侯、伯爵，在吏部尚书(或户部尚书)主持下会审重案囚犯，从此形成制度。清代秋审，朝审皆渊源于此。
3、大审。始于成化十七年(公元1481年)宪宗命司礼监(宦官二十四衙之首)一员在堂居中而坐，尚书各官列居左右，从此“九卿抑于内官之下”，会同三法司在大理寺共审囚徒，《明史·刑法志》载：“自此定例，每五年辄大审。”
