1997年国务院学位委员会第十五次会议通过了“关于调整医学学位类型和设置医学专业学位的几点意见”，首都医科大学把医学学位分为两种类型，一类是“医学科学学位”，一类是“医学专业学位”。
首都医科大学医学科学学位要求侧重于学术理论水平和实验研究，以培养从事基础理论或应用基础理论研究人员为目标;
首都医科大学医学专业学位要求侧重于从事某一特定职业实际工作的能力，以培养高级临床医师、口腔医师、卫生防疫和新药研制与开发的应用型人才为目标。
两种学位类型是并行的，并无高低之分。
1.以同等学力申请医学硕士专业学位条件?
(1)具有学士学位，获得学士学位后在临床医疗第一线工作三年以上。
(2)具有住院医师规范化培训第一阶段合格证书(或具有主治医师或以上级别的职称)。
(3)已参加首都医科大学研究生课程学习，成绩合格，修满学分。
(4)参加同等学力申请硕士学位全国外语及学科综合水平统一考试(口腔医学专业不需参加学科综合考试)，成绩合格。
(5)完成临床能力训练，通过临床能力考核。
(6)完成一篇相当于硕士专业学位研究生毕业水平的学位论文。
(7)通过论文答辩。
2.以同等学力申请硕士科学学位条件?
(1)具有学士学位，在获得学士学位后在申请学位相同或相关专业工作三年以上。
(2)有符合要求的学术论文或专著或科研成果。
(3)参加首都医科大学研究生课程学习，成绩合格，修满学分。
(4)通过国家组织的外语及学科综合水平统一考试。
(5)完成一篇相当于研究生毕业水平的学位论文。
(6)通过学位论文答辩。
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