工程硕士正确选题粗线条地定位了论文质量，但一篇好的工程硕士学位论文还要有清晰的结构和良好的系统性。由于平日专心于某项具体工作且论文写作训练不足大部分在职工程硕士忽略了论文的结构和系统性设计。在结构方面多数学员的论文头重脚轻在系统性方面,往往缺乏问题主线，内容分散逻辑性差。这样的工程硕士论文对导师和学员而言都将是沉重的负担。
为此我们尝试了一种称之为“目录引导”的方法。“目录引导法”实质上利用了工程硕士学位论文内容构成的规范性。无论工程硕士学员研究的课题有多么大的差异，其学位论文都需要清楚阐述“问题是什么”、“怎么解决的”、“结果如何”等三大块内容。而且为了说明“问题是什么”工程硕士论文还需要给出“背景与相关知识”，以概要介绍问题的应用背景、国内外研究现状以及论文工作所涉及的基本知识。
论文目录浓缩了全文的结构安排、内容组织及内在逻辑。因此对于刚刚开始论文工作的学员来说，目录像当于科学的研究计划能引导学员有效地开展课题研究而对于已完成大部分论文工作的学员而言，目录不但是高质量、高效率撰写工程硕士论文的提纲更是检验所做工作系统性并进行查缺补漏的依据。
由此可见尽早建立一个系统而翔实的工程硕士论文目录录引导法”不失为一种事半功倍的指导方法。
