学校设有2个博士后科研流动站(交通运输工程、电气工程)，2个一级学科博士点(交通运输工程、管理科学工程)，19个二级学科博士点，13个一级学科硕士学位授权点，59个二级学科硕士学位授权点，6个专业学位硕士授权点，46个本科专业，10个专科(高职)专业。拥有11个省部级重点研究基地。现有1个国家重点(培育)学科，5个国家级特色专业，1个上海市高峰学科，2个上海市高原学科，9个部市级重点学科，17个上海市本科教育高地。设有水上训练中心，拥有万吨级集装箱教学实习船“育锋”轮，4.8万吨散货教学实习船“育明”轮。
在2004年教育部本科教学工作水平评估和2006年教育部英语专业教学评估中获得优秀。2015年，年度科技总经费达到2.8亿元，获一批国家级科研项目及部市级以上科技进步奖。
实行校院二级管理体制，现设有商船学院、交通运输学院、经济管理学院、物流工程学院(设中荷机电工程学院)、法学院、信息工程学院、外国语学院、海洋科学与工程学院、文理学院(设徐悲鸿艺术学院)、科学研究院、上海高级国际航运学院等二级办学部门。在21000余名学生中，有本科生17000余人，各类在校研究生3000余人，留学生600余名。在1100余名专任教师中，有教授156名，具有博士学位的教师比例约53%。学校致力于培养国家航运业所需要的各级各类专门人才，已向全国港航企事业单位及政府部门输送了大量毕业生，被誉为“高级航运人才的摇篮”。
学校2013年成立中国(上海)自贸区供应链研究院和上海高级国际航运学院。中国(上海)自贸区供应链研究院将自贸区建设与供应链研究有机结合，以提升自贸区产业链建设水平，促进自贸区货物贸易向服务贸易的转型发展，同时推动政府监管职能的转变。上海高级国际航运学院采取国际上先进的商学院运作模式，与全球优秀教育机构资源共享，着力打造国内领先、国际知名的航运金融教育品牌，构筑具有影响力的航运高端人才输出基地。
2008年，上海市教育委员会、上海市城乡建设和交通委员会、上海海事大学、虹口区人民政府等20多家单位共同发起成立上海国际航运研究中心。中心挂靠上海海事大学，是国际航运业发展的研究和咨询机构，为政府和国内外企业与航运机构等提供决策咨询和信息服务，是上海市教委首批建立的“高校知识服务平台”之一。 2014年，市教委将该平台挂牌为“上海市协同创新中心”。
学校与境外70余所姐妹院校建立了校际交流与合作关系，开展教师交流、合作办学、合作科研、学生交换等。与联合国国际海事组织、波罗的海国际航运公会、挪威船级社等国际知名航运组织/机构建立了密切联系。自2010年起开设“国际班”，邀请美国、韩国、波兰、俄罗斯、德国等国家航海院校的学生来校学习“航海技术”“航运管理”等专业。2011年，经教育部批准，学校与加纳中西非地区海事大学合作举办“物流管理”本科教育项目，并开始在非洲招生，这是上海市地方高校第一个颁发中国高校本科文凭的海外办学项目。2012年，学校获教育部批准正式成为“接受中国政府奖学金来华留学生院校”。
