导师与双证在职研究生之间的合作伙伴关系一般而言是基于某项共同完成的任务而形成的，在明确双方权利、义务与行为模式的基础上，履行和分担各自相应的义务与责任，人格上平等，以合作为纽带，追求师生双方专业与价值共同发展和成长的一种新型师生关系。它首先涉及到选择适切的合作伙伴，其次则要建立共同的愿景，确定双方的职责、权限与义务，并以一种协商的姿态，坦诚合作，共同应对未来的挑战，共同分担学术研究的责任。
双方形成的是一种息息相关、荣辱与共的利益共同体。既然是合作伙伴关系，那么双方均要切实拿出实实在在的诚意与行动，否则合作的基础不稳，合作也就无以为继，因此也就意味着现有的在职研究生学历学位双证教育制度需要允许双方自由地选择新的合作伙伴，具备合作伙伴的选择与退出机制。在导师与双证在职研究生建立起合作伙伴关系后，学校便自然成为这种合作伙伴关系运行过程中的仲裁与总协调人，发挥着重要的促进作用。
在这种合作伙伴关系卜，正如我国学者工坤庆所言，“教师和学生之间不再是现代传授式和控制式逻辑衍生的教学关系，而是一种共同学习，相互影响的互惠式关系”。这种关系将更少地体现为有知识的教师教导无知识的学生，而更多地体现为一群个体在共同探究有关课题的过程中的相互影响。在合作伙伴关系中，由于导师身份的特殊性，这种合作关系也就不是一般意义上的合作关系，它要完成导师身份的应然职能。同样，这也是基于双证在职研究生身份卜的伙伴关系。而且导师与双证在职研究生一旦建立起相对应的关系，就会成为荣辱与共的学术责任共同体。在相对完善的评价机制之卜，任何一方的懈怠与疏忽均会导致学术共同体整体绩效的损失，甚至是损害性的惩罚。
这里有一个隐含的前提，即现有的双证在职研究生招生考试制度所选拔出来的对象是符合双证在职研究生身份和素质要求的。如果选拔出来的学生大多不具备基木的学术研究素养或者录取的学生将双证在职研究生学习阶段作为一个跳板而打算混日子，那么这种合作伙伴关系也将不复存在，因为导师与双证在职研究生双方是基于一项共同的任务而结合成的学术责任共同体。从师生互选开始，这种形式意义上的契约关系就应该已经建立起来了，它以书而文字材料的形式赋予双方关系确立的依据，从而让师生双方体悟到所缔结关系的重要意义以及关系缔结后蕴含的深刻含义。
