所获证书不同
在职学术型硕士研究生参加同等学力申硕考试，属于非学历教育，最后获得在职研究生学位证书;而专业硕士属于学历教育，参加学习的人员申硕成功后，可获得硕士毕业证和学位证，也就是在职研究生双证。
培养侧重点不同
同等学力申硕属于学术型学位硕士，主要是培养学术研究人才，注重培养学生从事科学研究创新工作的能力和素质。非全日制双证研究生属于专业硕士，侧重培养培养学员的研究实践问题的意识和能力，使他们毕业后能够承担专业技术或管理工作，成为具有良好职业素养的高层次应用型专门人才。
考试难度不同
在职学术硕士可以先入学后考试，参加全国统考的考试难度较低，所考科目也只有两门，并且可以有单科成绩保留，学员有多次参加申硕考试的机会;而专业硕士必须要参加入学考试，考试难度与全日制研究生是一样的，通过初试的人员，还需要参加院校复试，复试也通过后的人员才能入校学习。
学习费用不同
在职学术型硕士研究生的收费是比较优惠的，尽管不同专业具体费用是不同的，但一般在2年的学制中，学费多在两三万元。在职专业硕士学费尽管不同专业类别也是有一定的差距，但总体上比学术型的专业要高不少，如MBA的学费少则七八万，一般要十几甚至几十万元。
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