项目的设计是整个软件工程在职研究生项目驱动式教学的前提，项目的好坏直接影响到教学的开展。要根据教学要求和特点，选择合适的项目任务，使之具有可操作性和实践性。要对整门课程及各教学单元进行教学目标分析，以确定所学知识的“主题”(即与基本概念、基本方法或基本过程有关的知识内容)，并按项目的内在规律进行整合。在以“布置项目”的方式引入有关概念和主题，展开教学内容。
“项目驱动”能对教学产生良好效果的一个重要原因在于，它能有效地转化为“兴趣驱动”。因此，项目的设计要注意软件工程在职研究生认知特点，要从学生实际出发，充分考虑学生现有的文化知识、认知能力、兴趣等特点，遵循由浅入深、由表及里、循序渐进等原则。
项目可以选择来源于企业的真实项目，但要适合于教学项目，贴近现实，学生比较熟悉，容易理解，比如建立一个学生信息管理系统。如果一味地应用企业的真实项目，而授课教师又没有参加过这个实际项目，那么学生学习的效果也不会太好。将项目的任务模块设计成为学习型和综合设计型两种类型，学习型项目规模较小，可以在实验室和课堂中完成，目的是通过项目实践，使学生能够深入理解课程的重点与难点。
综合设计型为较大规模，要求学生在老师的带领下，完成从项目的需求分析、系统设计到编码实现、测试部署的全过程，主要应用在课程设计和毕业设计中。使软件工程在职研究生在完成任务的过程中达到理解学科知识、融会贯通、掌握综合技能的目的。
