我国工程硕士在职研究生教育自1984年开始探索，大致分为四个阶段:(1)工程硕士研究生教育的初始探索阶段(1984-1996); (2)工程硕士研究生教育的起步阶段(1997-2002); (3)工程硕士研究生教育的发展阶段;(4)工程硕士在职研究生教育的繁荣阶段。
第一阶段:探索期(1984-1996)0 1984年原教育部高教司转发清华大学等十一所高等工科院校《关于培养工程类型硕士生的建议》，开始招收工程硕士生，旨在培养担负专门技术工作的高级工程科技人才。之后又分别下达了《培养医学博士(临床医学)研究生的试行办法》、《“货币金融学”、“国际金融”两专业硕士生(应用类参考性培养方案)》等文件。这一阶段试点单位虽未正式提出专业学位，但是在招生对象、培养方法、教学要点和论文标准等各方面，制定了不同于传统学术型的人才培养方案，为工程硕士在职研究生专业学位的设置和发展奠定了基础。
第二阶段:起步期(1997-2002)0 1997年，以国家正式设立工程硕士在职研究生专业学位为标志。这一时期的主要成就一一确立选拔对象和选拔方式。这一时期的选拔对象为工程技术和工程管理在职人员。选拔方式为全国联考“GCT”与自行组织考试相结合的两段式考试，高校自主招生录取。
第三阶段:发展期(2003-2008)。这一阶段，我国工程硕士在职研究生教育开始呈现出欣欣向荣的态势，经过10多年的发展，目前全国己有培养单位218个，授权工程领域40个，工程硕士年录取5万多人，在学人数17万余人，为社会提供了大批高层次应用型人才。
这一时期的主要成就一一形成了独特的培养模式。入学选拔方式为GCT,注重高校的自主自律。培养方式更加灵活，学生可以采取进校不离岗的学习方式，课程学习实行学分制。学习年限一般为3-5年，但规定学生在校学习时间不得低于6个月。工程硕士在职研究生课程内容针对工程特点和企业需求按工程领域设置，教学内容具有宽广性和综合性，反映当代工程技术发展前沿。规定论文选题来源于工程，并且工程硕士研究生培养采取双导师制。
第四阶段:繁荣期(2009一今)。2009年，教育部研究决定，增招3.8万名硕士研究生，全部用于应届本科毕业生全日制攻读硕士专业学位研究生。同年全国工程硕士在职研究生指导委员会下发了《关于制订全日制工程硕士研究生培养方案的指导意见》的通知，进一步优化了我国研究生教育结构，满足了我国在建设创新型国家的过程中对高层次、应用型人才的需求。同时，有利于专业院校发挥优势，引导和支持创新要素向企业集聚，推动行业的健康发展。
2009年开始推行全日制专业学位培养之后，工程硕士在职研究生生源结构从原来的以非全日制为主转变为以全日制为主，结构发生了很大的变化，使得专业学位研究生培养模式面临着巨大挑战。比如，对于工程硕士专业学位来说，虽然培养目标都一样，但过去的非全日制在职工程硕士至少都具有3年以上的实践经验，进校学习主要目的是学习、补充系统的专门知识，而且不涉及就业分配，可以充分发挥学校的长处。而全日制工程硕士的生源一般都是没有实践经验的应届本科生，为达到工程硕士培养目标就必须在学期间加强实践教育，并且以此来提高工程硕士的就业竞争力和社会影响力。可见，全日制工程硕士的培养模式要求与非全日制工程硕士培养不同;显然，由于工程硕士培养目标与工学硕士不同，因此，其培养模式也不能等同于全日制工学硕士的培养。但事实上，由于高校及社会对这些方面的认识不清，使得在全日制工程硕士培养上也存在着偏差。在此，本文对全日制工程硕士、非全日制工程硕士以及全日制工学硕士的培养目标及培养模式各环节逐一对比。
