目前，工程硕士在职研究生专业学位在管理实践过程中存在的间题总结起来，有以下几个方面:
1、教育管理观念滞后
我国工程硕士在职研究生教育起步较晚，高等工程教育的重要性长期被社会所忽视，工程硕士在职研究生培养观念陈旧，人才培养目标、人才评价标准趋同于工学硕士，缺乏应有的教育特色。此外，传统的以培养学术型人才为主的教育管理方法没有根本改变，质量评价手段不健全，这些间题在很大程度上影响了工程硕士在职研究生研究生教育的发展。
工程硕士在职研究生以“在校不离岗”的模式在职攻读学位，存在工作与学习的时间、工作地点与学习地点不一致，教师到工程实习基地任教与完成在校所承担的教学工作量相冲突，办学地点分散与办学效益存在差距等多种矛盾，特别在工程硕士在职研究生的课程学习阶段矛盾最为突出。同时，一些高校在教学管理的认识上出现了认知性偏差，认为教学计划制定、学籍管理、教务管理以及实习管理等教学管理活动是“常规”工作，教学管理人员只要具备一般的素质便能担当此任。这就使得当前专业学位研究生教育管理人员队伍呈现出素质低、年轻化且流动性强的特点。而教育管理者能力不足、经验缺乏和对专业学位教育认识不够，无疑给工程硕士在职研究生的管理带来不少负面影响。
2、缺乏符合专业学位发展规律和特点的评价标准
工程硕士在职研究生专业学位侧重于工程应用，主要是为工矿企业和工程建设部门，特别是为国有大中型企业培养应用型、复合型高层次工程技术和工程管理人才。工程硕士在职研究生区别于工学硕士的最大特点是它面向专业实践应用而非学术研究。工程硕士在职研究生的论文要体现工程硕士在职研究生解决工程实际问题的新思想、新方法、新技术，研究成果要有一定的先进性，要能产生一定的社会效益。但是，由于工程硕士在职研究生生源结构不一致，出现了从事科研工作、从事产品开发和技术管理工作的三类完全不同的研究生.从而导致工程硕士在职研究生研究生的论文质量低，重论文轻项目实践，一些导师、论文评阅人、答辩委员会委员、院系学位分委员会委员对如何判定工程硕士在职研究生论文的质量优劣并不十分明确，工程硕士在职研究生论文评价基本上是参照工学硕士的标准等。由于缺乏符合专业学位发展规律和特点的评价标准，工程硕士在职研究生培养工作的进一步深化和人才培养质量的提高在某种程度上受到阻碍。
3.双导师制度存在疏漏
工程硕士在职研究生研究生一般实行“双导师制、在校不离岗”的培养方式，即除学校配置指导教师外，还在企业聘请相应领域的工程理论和实践经验丰富的高级工程技术人员做副导师。由于工程硕士在职研究生在校时间较短，客观上影响了校内导师的及时指导，不利于工程硕士在职研究生学术水平的提高;而企业中有实践经验的导师并没有深人到高校的工程硕士在职研究生课程教学中，同样缺乏对学生有效指导的机会;更为重要的是，由于导师一般都是企业的技术带头人，常常因工作繁忙而疏漏科研指导和相互探讨的时机，使得工程硕士在职研究生的管理出现空缺。
